AFAIK konsekwencji nie ma. Zaczniesz po prostu od początku, chyba że źródła honorują wznawianie kompilacji (configure.cache i te sprawy). W ogóle polecam zapoznanie się z ccache, przyspiesza kompilacje.
Moją instalację robiłem z poziomu Debiana, rozpakowując stage3 i chrootując do niego. O ile dobrze wiem, Ubudsl i polska Wiedźma mają wbudowaną obsługę tego modemu i z ich poziomu instalacja powinna być jak najbardziej możliwa. Z drugiej strony odnoszę wrażenie, że autor tematu nie jest za bardzo obeznany z Linuksami; czy rozsądnie będzie iść na głęboką wodę instalując Gen2?