Różnice pomiędzy profilami 2005.1 a 2006.0 możemy przejrzeć korzystając z programu diff:


Aby przełączyć Gentoo na profil 2006.0 wykonujemy następujące polecenia (dla platformy x86 zamieniamy w poleceniach amd64 na x86):


Opcja -p jest zbędna jeżeli korzystamy z opcji -a, jednak zanim przystąpimy do aktualizacji naszego systemu warto jest skorzystać z -p zamiast -a aby przyjrzeć się zmianom jakie nastąpią. Przełącznik -v pokazuje zmiany flag USE (związany z następnym przełącznikiem). Najważniejszą opcją podczas aktualizacji jest -N, która pozwala na kompilację i instalację pakietów ze zmienionymi flagami nawet jeżeli są one już zainstalowane w aktualnych wersjach. Ma to istotne znaczenie ponieważ główne zmiany w profilu 2006.0 są związane z dodaniem domyślnej flagi NPTL. Zmiany te nie zostaną zastosowane jeżeli nie skorzystamy z opcji -N.

Jeżeli korzystamy z esearch lub eix musimy dodatkowo wykonać:


Aby wykonać emerge --sync oraz update-eix w jednym kroku należy:


Powoduje to wykonanie emerge --sync oraz update-eix w jednym kroku. Dodatkowo otrzymujemy ładne podsumowanie tego, co zmieniło się od ostatniej aktualizacji.